Las etapas y los principios siguientes representan respectivamente las 5 etapas iniciales y los 7 principios reconocidos del sistema APPCC tal como han sido identificados por la Comisión del Codex Alimentarius

• Etapa 1: constituir el equipo APPCC
• Etapa 2: describir el producto
• Etapa 3: identificar la utilización prevista
• Etapa 4: construir el diagrama de flujo
• Etapa 5: confirmar el diagrama de flujo in situ

Conviene respetar las cinco etapas indicadas anteriormente antes de proceder al análisis APPCC, que se efectúa según los siete principios siguientes:

• Principio 1: proceder a un análisis de los peligros
• Principio 2: determinar los puntos críticos de control
• Principio 3: definir los límites críticos
• Principio 4: Implantar un sistema de Seguimiento para controlar los PCC
• Principio 5: determinar las acciones correctivas a tomar cuando el sistema de Seguimiento revele que un PCC particular no esta bajo control
• Principio 6: determinar los procedimientos de verificación a fin de confirmar que el sistema APPCC funciona eficazmente
• Principio 7: Hacer un manual en el cual figuren todos los procedimientos y todos los registros adaptados a estos principios y a su aplicación

Antes de aplicar el sistema APPCC a un sector cualquiera de la cadena alimentaria, conviene que el sector funcione conforme a los principios generales de higiene alimentaria del Codex, a los Códigos de Buenas Prácticas (CBP) del Codex y a la legislación apropiada en materia de seguridad de los alimentos.